Margarethe Lihotzky je rođena u bečkoj obitelji srednje klase. Njen otac Erwin bio je liberalni državni službenik s pacifističkim tendencijama, koji su se zalagao za kraj Habsburškog carstva i osnivanje Republike 1918. Margarethina majka Julie bila je kćer njemačkog povjesničara umjetnosti i muzejskog stručnjaka Wilhelma von Bode koji se smatra osnivačem suvremenog muzejskog sustava

Grete Lihotzky studirao je od 1915. do 1919. godine na Kunstgewerbeschule (danas Bečke sveučilište za primijenjenu umjetnost ) gdje su studirali i  (kasnije poznati) umjetnici kao što su Josef Hoffmann i Oskar Kokoschka.

Kad je Margarethe Schütte-Lihotzky 1997. godine proslavljala 100. rođendan, rekla je kako 1916. godine nitko nikada nije vjerovao da će ženi biti naručena izgradnja kuće - čak ni ona sama. Studirala je arhitekturu kod Oscara Strnada utemeljitelja Bečke škole arhitekture, koji je 1917. vodio svoje studente kroz sudjelovanje u natječaju za "radničko stanovanje", gdje se Margarete prvi put susrela s temom društvene izgradnje. Dobila je nagradu za taj projekt.

Sudjelovanjem u natječaju za vrt Schafberg , došla je u kontakt s Pokretom bečkih useljenika . Početkom 1921. godine radila je naselje "Peace City" u Lainzu. Bavila pitanjima stanovanja i racionalizacije prostora kućanstva pa je osmislila "Warentreuhand", savjetovalište za kućni namještaj, koji je bio instrument u planiranju i izgradnji velikih izložbi kolonizatora na Rathausplatzu u Beču 1922. i 1923. godine.

Maksimalna oprema u minimalnom prostoru i s "racionalizacijom koraka"

Poznati njemački arhitekt i urbanist Ernst May bio je oduševljen kad je upoznao kolegicu Margarethe i omogućio joj da ga objavljuje u časopisu "Silesian Home" i vodi odjel za graditeljstvo grada Frankfurta. Godine 1926. angažirao ju je na projektiranju nove stambene izgradnja s " Frankfurtskom kuhinjom ". Danas se ta kuhinja smatra prototipom moderne kuhinje. Margarethe Lihotzky je dizajnirala "laboratorij kućanice", koji nudi maksimalnu opremu u minimalnom prostoru i s "racionalizacijom koraka" kako bi se olakšao "ženski posao". U Frankfurtskim naseljima instalirano je oko 12.000 kuhinja u nekoliko varijanti. Za života u Frankfurtu upoznala je kolegu Wilhelma Schüttea u odjelu za graditeljstvo grada, i za njega se udala 1927.

Za Wiener Werkbundsiedlung koji je 1932. godine predstavljen javnosti u sklopu Europske stambene izložbe, osmislila je dvije kuće s po 35 m² površine (Woinovichgasse 2 i 4). Među 32 arhitekta naselja Margarethe Schütte-Lihotzky bila je jedina žena.

Kada se politička i ekonomska situacija u Weimarskoj Republici pogoršala, Ernst May i skupina stručnjaka su 1930. apelirali na Moskvu da zaposli bračni par arhitekata, bojeći se da će završiti u logoru ako ne odu. Margarete Schütte-Lihotzky je bila stručnjak za zgrade za djecu a njen muž Wilhelm Schütte, stručnjak za izgradnju škola. Njihova "Majstorska brigada" bila je zadužena za pomoć u provedbi Staljinovog prvog petogodišnjeg plana za Sovjetski Savez planiranjem socijalističkih gradova, najprije industrijskog grada Magnitogorska, usred ničega na jugu Urala . Po dolasku, grad je bio sastavljen od blatnih koliba i vojarne. Broj plana predviđao je 200.000 stanovnika sljedećih nekoliko godina, od kojih bi većina radila u industriji čelika.

Godine 1933. Margarethe Schütte-Lihotzky je izložila svoj rad na Svjetskom sajmu u Chicagu a 1934. otišla je u Japan i Kinu gdje je i držala predavanja kolegama. Često se Staljinove čistke smatraju razlogom njenog odlaska iz Sovjetskog Saveza, uglavnom Margarethe Schütte-Lihotzky je ostala u Sovjetskom Savezu tek nešto prije isteka njezine putovnice 1937.

Godine 1938. Schütte-Lihotzky je preselila sa suprugom u Istanbul , gdje su imali priliku učiti i raditi na "Akademiji likovnih umjetnosti", uključujući projektiranje tipskih projekata za seoske škole. Uoči Drugog svjetskog rata, Istanbul je bio sigurno utočište za emigrane Europljane, uključujući umjetnike i arhitekte kao što su Bruno Taut i Clemens Holzmeister . U Istanbulu je par Schütte-Lihotzky susreo Herberta Eichholzera , austrijskog arhitekta koji je pokušavao organizirati komunističku skupinu otpora protiv nacističkog režima. Margarethe Schütte-Lihotzky se pridružila Austrijskoj komunističkoj stranci ( KPÖ ) i 1939. godine oputovala je u Beč 1940. da bi osnovao tajnu udrugu s austrijskim komunističkim pokretom otpora.

Samo nekoliko tjedana nakon njezina dolaska, Gestapo je 22. siječnja 1941. uhitio na temelju izdaje špijuna "Ossi", koji je bio prerušen u službenu osobu KPÖ i istovremeno Gestapo agent Kurt Koppel.
Eichholzer je optužen za veleizdaju 7. veljače 1941. u Beču i osuđen na smrt. Iako je Margarethe Schütte-Lihotzky tužiteljstvo također tražilo smrtnu kaznu, osuđena je na 10 godina zatvora. Njezini suoptuženici Erwin Puschmann, Franz Sebek i Karl Lisetz pogubljeni su 5. ožujka 1943. godine. Schütte-Lihotzky su saveznici oslobodili iz tamnice 29. travnja 1945.

Nakon rata najprije je radila Bugarskoj; a 1947. se ona i njezin muž Wilhelm Schütte vraćaju u Beč, gdje su, međutim, zbog svojih političkih stavova - (komunističkih) - teško dobivali dobre poslove. Bečka socijalna demokracija tada je bila strogo anti-komunistička. Ipak, neke zgrade u zajednici (jedna sa suprugom) i jedan (sada navedeni) vrtić na Kapaunplatzu ( 20. okrug ) izgrađene su do 1950. godine. Godine 1951. odvojila se od supruga i planirala brojne izložbe, radila za međunarodne organizacije i za ženski mirovni pokret. Bila i konzultantica za Narodnu Republiku Kinu , za Kubu i DDR .

Od 1954. do 1956. godine, Margarethe i Wilhelm, Fritz Weber i Karl Eder dizajnirali su izdavačku i prodajnu sekciju Globus -izdavačke kuće s tiskovnim, uredničkim i opskrbnim sekcijama na Höchstädtplatzu (20. okrug) za Komunističku partiju Austrije. Između ostalog, tiskana je i tiskana tiskana KPÖ dnevna novina Volksstimme do 1990. Još jedna od njezinih dizajnerskih zgrada je Folk Hause u Klagenfurtu.

Margarethe Schütte-Lihotzky je impresionirala ljude pažnjom i interesima za politiku i dizajn. Vrlo kasno, njezini su radovi bili javno priznati u Austriji. Na inicijativu Leopolda Gratza i vijećnice za kulturu Gertruda Fröhlich-Sandnera 1980. godine dobila je arhitektonsku nagradu grada Beča.

1988. dobiva počasnu nagradu za znanost i umjetnost od predsjednika Kurta Waldheima, (vojnika u nacističkom razdoblju i kasnije časnika Wehrmacht) koju je ona odbacila zbog njegove sumnjive nacističke prošlosti a prihvatila nagradu 1992. godine, kao 95-godišnjakinja, od njegovog nasljednika Thomasa Klestila. Godine 1993. prva izložba njezinog cjelovitog djela održana je u Muzeju za primijenjenu umjetnost u Beču, pod nazivom "Socijalna arhitektura Margarete Schütte-Lihotzky, svjedočanstvo stoljeća".

Godine 1995. genijalna arhitektica je bila jedna iz skupine austrijskih žrtava nacističkih progona koji su javno optužili Jörga Haidera nakon rasprave u austrijskom parlamentu o rasističkom bombaškom napadu koji je ubio četiri austrijska Roma.

Svi su je se sjetili za 100. rođendan

Svoje 100. rođendan proslavila je 1997. kratkim valcerom s bečkim gradonačelnikom Michaelom Häuplomom a tom prilikom je rekla: "Bilo bi mi drago što sam dizajnirala kuću za tako bogatog čovjeka". Za ovu je prigodu dobila i počasni prsten grada Beča. Povodom 100. rođendana, dobila je počast i od grada Radstadta gdje je jedno vrijeme radila. Glavni trg je nazvan Margarete-Schütte-Lihotzky-Platz. Peti Bezirk Beča po njoj se naziva Margaretenu a u njenom gradu postoji i perivoj Schütte-Lihotzky-Park, Margarethe-Schütte-Lihotzky-Hof imenovani po njoj. Postoji i predavaonica Schütte-Lihotzky na Tehničkom sveučilištu u Beču gdje je studirala.

Margarete Schütte-Lihotzky umrla je 18. siječnja 2000. u Beču, pet dana prije njezinog 103. rođendana, od komplikacija vezanih za gripu. Pokopana je u Groblju časti na Bečkom središnjem groblju.

Pri redekoraciji njezinog imanja pronađen je neobjavljeni rukopis. Taj se tekst pojavio 2004. godine kao knjiga pod naslovom "Zašto sam postala arhitekt". Imanje je Margarete Schütte-Lihotzkysa oporučno ostavila arhivu Sveučilišta za primijenjenu umjetnost u Beču